**This is an old revision of the document!**
Table of Contents
Catàleg de programes
Introducció
Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament.
Usualment els programes poden estar instal·lats:
. directament al sistema operatiu Ubuntu dels nodes de computació (no cal posar cap export PATH ni res a l'script per enviar al job).
. a /home/soft (llavors sí que cal especificar el PATH complet via export PATH en l'script o simplement especificant la ruta completa a l'script bash).
. a un virtualenv de python3 (podeu veure els diferents virtualenvs que tenim instal·lats fent un ls a /home/soft/virtenvs/python3). Per activar un virtualenv del cluster heu de fer:
#!/bin/bash source /home/soft/virtenvs/python3/nom_virtualenv/bin/activate
. a un env del miniconda3 propi del cluster (podeu veure els diferents environments de conda instal·lats fent un ls a /home/soft/miniconda3/envs). Per activar un env de miniconda3 del cluster heu de fer:
#!/bin/bash source /home/soft/miniconda3/bin/activate /home/soft/miniconda3/envs/nom_env
. com a binari instal·lat dintre de conda. Llavors el que heu de fer és simplement executar el binari amb tot el PATH:
#!/bin/bash export PATH=/home/soft/miniconda3/bin:$PATH nom_programa etc
Dintre del procés de convergència del cluster del CEAB a fer servir les mateixes eines que el cluster Drago del CSIC, en un futur espero harmonitzar tot això amb eines de maneig de software tipus EasyBuild (“module load nom_programa”, etc). Però de moment, fins que no estigui instal·lat i configurat aquest nou sistema, haurem de conviure i treballar entre export PATHs, virtenvs, condas, etc.
Recordeu que si teniu cap petició d'instal·lació d'un nou programa, o bé d'actualització d'un programa ja instal·lat, l'heu de fer al correu cblab @ ceab.csic.es.
Heu de tenir en compte que, a més, alguns d'aquests programes instal·lats i compilats en versions antigues d'Ubuntu instal·lades antigament al cluster, poden no funcionar ara. Siusplau, informeu de qualsevol anomalia o problema amb el programari instal·lat escrivint al citat correu.