User Tools

Site Tools


users:catalogue:programs:qiime2_picrust2

Qiime2 + picrust2

Per tal de fer servir al nostre cluster qiime2 amb picrust, heu de seguir aquests pasos:

1.- Heu de fer servir el qlogin/qsub amb al menys 16G de RAM. (A l'exemple ho faig via qlogin):

snippet.bash
xavier.roijals@cluster-ceab:~$ qlogin -l h_vmem=16G

2.- Heu d'exportar aquestes variables prèviament:

snippet.bash
xavier.roijals@node109:~$ export LC_ALL=C.UTF-8
xavier.roijals@node109:~$ export PATH=/home/soft/miniconda3/bin/:$PATH

3.- Heu d'activar l'entorn virtual on és el qiime2 nou sobre python3:

snippet.bash
xavier.roijals@node109:~$ source activate /home/soft/miniconda3/envs/qiime2-2019.4/

4.- Llavors ja el podeu executar amb les opcions que vulgueu (recordeu, sempre PATHs absolut), exemple:

snippet.bash
(qiime2-2019.4) xavier.roijals@node109:~$ qiime picrust2 full-pipeline --help
Usage: qiime picrust2 full-pipeline [OPTIONS]
(...)

5.- Recordeu a l'script de qsub afegir sempre al final l'opció deactivate, que farà que sortiu del virtualenv de python:

snippet.bash
(...contingut de l'script...)
deactivate
users/catalogue/programs/qiime2_picrust2.txt · Last modified: 2019/06/10 14:37 by admins_ceab