users:catalogue:programs:qiime2_picrust2
Qiime2 + picrust2
Per tal de fer servir al nostre cluster qiime2 amb picrust, heu de seguir aquests pasos:
1.- Heu de fer servir el qlogin/qsub amb al menys 16G de RAM. (A l'exemple ho faig via qlogin):
- snippet.bash
xavier.roijals@cluster-ceab:~$ qlogin -l h_vmem=16G
2.- Heu d'exportar aquestes variables prèviament:
- snippet.bash
xavier.roijals@node109:~$ export LC_ALL=C.UTF-8 xavier.roijals@node109:~$ export PATH=/home/soft/miniconda3/bin/:$PATH
3.- Heu d'activar l'entorn virtual on és el qiime2 nou sobre python3:
- snippet.bash
xavier.roijals@node109:~$ source activate /home/soft/miniconda3/envs/qiime2-2019.4/
4.- Llavors ja el podeu executar amb les opcions que vulgueu (recordeu, sempre PATHs absolut), exemple:
- snippet.bash
(qiime2-2019.4) xavier.roijals@node109:~$ qiime picrust2 full-pipeline --help Usage: qiime picrust2 full-pipeline [OPTIONS] (...)
5.- Recordeu a l'script de qsub afegir sempre al final l'opció deactivate, que farà que sortiu del virtualenv de python:
- snippet.bash
(...contingut de l'script...) deactivate
users/catalogue/programs/qiime2_picrust2.txt · Last modified: 2019/06/10 12:37 by admins_ceab