**This is an old revision of the document!**
Catàleg de programes
Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament.
Usualment els programes poden estar instal·lats:
. directament al sistema operatiu Ubuntu dels nodes de computació (no cal posar cap export PATH ni res a l'script per enviar al job).
. a /home/soft (llavors sí que cal especificar el PATH complet via export PATH en l'script o simplement especificant la ruta completa a l'script bash).
. a un virtualenv de python3 (podeu veure els diferents virtualenvs que tenim instal·lats fent un ls a /home/soft/virtenvs/python3). Per activar un virtualenv del cluster heu de fer:
#!/bin/bash source /home/soft/virtenvs/python3/nom_virtualenv/bin/activate
. a un env del miniconda3 propi del cluster (podeu veure els diferents environments de conda instal·lats fent un ls a /home/soft/miniconda3/envs). Per activar un env de miniconda3 del cluster heu de fer:
#!/bin/bash source /home/soft/miniconda3/bin/activate /home/soft/miniconda3/envs/nom_env
. com a binari instal·lat dintre de conda. Llavors el que heu de fer és simplement executar el binari amb tot el PATH:
#!/bin/bash export PATH=/home/soft/miniconda3/bin:$PATH nom_programa etc
Recordeu que si teniu cap petició d'instal·lació d'un nou programa, o bé d'actualització d'un programa ja instal·lat, l'heu de fer al correu cblab @ ceab.csic.es.
Mr Bayes v.3.2.6 with mpi 2.0
Anvio v.3
. P
. Q
. S