**This is an old revision of the document!**
Catàleg de programes
Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament.
Usualment els programes poden estar instal·lats:
. directament al sistema operatiu Ubuntu dels nodes de computació (no cal posar cap export PATH ni res a l'script per enviar al job).
. a /home/soft (llavors sí que cal especificar el PATH complet via export PATH en l'script o simplement especificant la ruta completa a l'script bash).
. a un virtualenv de python3 (podeu veure els diferents virtualenvs que tenim instal·lats fent un ls a /home/soft/virtenvs/python3). Per activar un virtualenv del cluster heu de fer:
#!/bin/bash source /home/soft/virtenvs/python3/nom_virtualenv/bin/activate
. a un env del miniconda3 propi del cluster (podeu veure els diferents environments de conda instal·lats fent un ls a /home/soft/miniconda3/envs). Per activar un env de miniconda3 del cluster heu de fer:
#!/bin/bash source /home/soft/miniconda3/bin/activate /home/soft/miniconda3/envs/nom_env
. com a binari instal·lat dintre de conda.
Here you can find which programs are currently installed, usually in /home/soft. If you have a request write us in cblab@ceab.csic.es with a link to the program webpage.
Mr Bayes v.3.2.6 with mpi 2.0
Anvio v.3
. P
. Q
. S