Computational Biology Lab Wiki

This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong.
# jModelTest

*"jModelTest is a tool to carry out statistical selection of best-fit models of nucleotide substitution. It implements five different model selection strategies: hierarchical and dynamical likelihood ratio tests (hLRT and dLRT), Akaike and Bayesian information criteria (AIC and BIC), and a decision theory method (DT)."*

[Github del programa](https://github.com/ddarriba/jmodeltest2/tree/master)

[Darreres versions del programa](https://github.com/ddarriba/jmodeltest2/files/7229476/manual.pdf) (...del 2016)

[Manual en pdf de les darreres versions](https://github.com/ddarriba/jmodeltest2/files/7229476/manual.pdf)

Ells mateixos en el seu fòrum d'ajuda recomanen de passar a ModelTest-NG: *"If you are still using jModelTest, please consider switching to [ModelTest-NG](https://github.com/ddarriba/modeltest/tree/master)."* (no l'instal·laré a no ser que algun usuari m'ho demaneu explícitament).

Per fer servir jModelTest:

```
#!/bin/bash

java -Xmx20G -jar /home/soft/jModelTest-2.1.4/jModelTest.jar  etc // he ficat 20G de RAM però podrien ser 
                                                                  // molt més, depén del treball
```

**Actualització 2 d'octubre de 2024**. Actualitzo el programa a la seva darrera versió (2.1.10), tant a /home/soft com a dins dels nodes. Es pot fer servir amb les comandes:

```
// En el cas de fer servir jModelTest de /home/soft
java -Xmx10G -jar /home/soft/jmodeltest-2.1.10/jModelTest.jar etc


// En el cas de fer servir el jModelTest dels nodes
$ java -Xmx10G -jar /usr/share/jmodeltest/jModelTest.jar etc
```