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--- users:guides:getting_structure_output [2018/06/18 11:48] – admins_ceab
+++ users:guides:getting_structure_output [2018/06/18 12:19] (current) – admins_ceab
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 After a long work searching how to save the outputs of the programs executed as R, Miguel downloades the [source code of the ParallelStructure library](https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=1636).
+He unpaccked the source tar.gz:
-Descomprimo el paquete
 ```bash
 # tar zxvf ParallelStructure_1.0.tar.gz
 ```
-el archivo que busco está en ParallelStructure/R/parallelstructure.R
-Esta función en algún punto debería llamar a Structure. Voilà:
+The file we were searching for is in ParallelStructure/R/parallelstructure.R:
-```code=r
+Somewhere into the function it would be some call to Structure. Vualà:
+```
 		#  wait before running the job (let time to re-new seed between jobs)
 		Sys.sleep(job$wait)
@@ Line 22: / Line 22: @@
 ```
-La primera opción que se me ocurrió fue esta:
+The first solution Miguel thinked was:
-```R
+```
 		#  wait before running the job (let time to re-new seed between jobs)
 		Sys.sleep(job$wait)
@@ Line 31: / Line 31: @@
 ```
-Lo vuelvo a comprimir y lo paso a la máquina de pruebas (node16 en cc196, esto es un kilombo que no pondré aquí)
+Then he paccked all again in a tar.gz and copied all to the proves machine (node16 in cc196).
 ```
 # tar zcvf ParallelStructure_1.0.tar.gz ParallelStructure
 ```
-Y lo instalo en R, atención al comando, que no es el de siempre:
+Then, with aun unusual command,  install the library:
 ```
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 ```
-Tenía serias dudas de que fuera a instalarse tan fácilmente, pero se instala. Paso también todos los archivos que necesito para ejecutar Structure y descargo el programa de Structure que no está en node16 (en /home/soft/console/)
+He has some doubts that it works so easily, but in fact, it did it. He copied all the files he needed it to execute Structure and he installed the Structure program that it wasn't installed at node16 (/home/soft/console).
-Retoco los paths de structure.R, structure.sh, genero los joblists (todo esto está explicado aquí: http://www2.ceab.csic.es/cblabdoc/doku.php?id=structure_with_r)
+He retouch the paths from structure.R, structure.sh, he generated new joblists (as he explained [here](http://cc196.ceab.csic.es/cblabdoc/doku.php?id=users:guides:structure_with_r)):
+```
 chmod +x structure.sh
 ./structure.sh
+```
+But there is some problem: everytime that we run the program overwrite the file, and we need to save one file per generated result. After talking with Xavi, I returned to the source code. Now I modified some lines before:
-pero me encuentro que sobreescribe el archivo cada vez y necesito guardar uno por cada resultado generado. Después de pensarlo con Xavi vuelvo de nuevo al código fuente. Fijándome en unas líneas más arriba, modifico de nuevo la línea que me interesa:
+```
-```R
      # generate parameted file for structure
 	    param_nam=paste('parameter_job_',as.character(id),sep='')
+(...)
      instr=paste(structure_path,'structure -m ',param_nam,' > structure_output',as.character(id),'.txt', sep='')
 ```
-Después tengo que repetir todo el proceso (comprimir el paquete, desinstalar el paquete en R e instalar el nuevo)
+After repeating all the process (pack the files, uninstall the library in R, reinstall). After that we have to generate all the joblists and remove the results directory (structure_results). And then yes, we have all the files generated.
-Por si acaso vuelvo a generar los joblists, borro la carpeta de resultados (structure_results)
-Y esta vez sí, ahora tenemos todos lo archivos generados.
+Then we have to replicate into the cluster. He installed the library in R-3.4.3.
-Ahora solo queda replicarlo en el cluster. Instalaré el paquete en el R-3.4.3.