Computational Biology Lab Wiki

User Tools

Site Tools

Trace: • programs
users:catalogue:programs:qiime2_picrust2

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Next revision		Previous revision
users:catalogue:programs:qiime2_picrust2 [2019/06/10 12:35] – created admins_ceabusers:catalogue:programs:qiime2_picrust2 [2019/06/10 12:37] (current) – admins_ceab
Line 1: Line 1:
 # Qiime2 + picrust2 # Qiime2 + picrust2
  
-Per tal de fer servir al nostre cluster qiime2 amb picrust, heu de seguir aquests pasos:+Per tal de fer servir al nostre cluster qiime2 amb [picrust](https://github.com/picrust/picrust2/wiki/q2-picrust2-Tutorial), heu de seguir aquests pasos:
  
 1.- Heu de fer servir el qlogin/qsub amb **al menys 16G de RAM**. (A l'exemple ho faig via qlogin): 1.- Heu de fer servir el qlogin/qsub amb **al menys 16G de RAM**. (A l'exemple ho faig via qlogin):
Line 23: Line 23:
 4.- Llavors ja el podeu executar amb les opcions que vulgueu (recordeu, sempre PATHs absolut), exemple: 4.- Llavors ja el podeu executar amb les opcions que vulgueu (recordeu, sempre PATHs absolut), exemple:
  
-```bash    +```bash
 (qiime2-2019.4) xavier.roijals@node109:~$ qiime picrust2 full-pipeline --help (qiime2-2019.4) xavier.roijals@node109:~$ qiime picrust2 full-pipeline --help
 Usage: qiime picrust2 full-pipeline [OPTIONS] Usage: qiime picrust2 full-pipeline [OPTIONS]
users/catalogue/programs/qiime2_picrust2.1560170131.txt.gz · Last modified: by admins_ceab