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--- users:catalogue:programs:qiime2 [2018/06/18 09:12] – created admins_ceab
+++ users:catalogue:programs:qiime2 [2018/06/18 09:24] (current) – admins_ceab
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-Tal y como informan en su [página web](http://qiime.org), qiime 1 es una vía muerta. Por tanto, hemos instalado [Qiime2](http://qiime2.org)
+## Qiime2
-Es mucho más sencillo utilizar qiime2 que qiime1. Para usarlo deberéis hacer lo siguiente:
+As you can read in [their own web](http://qiime.org), Qiime1 is no longer supported at this time. We have already installed [Qiime2](http://qiime2.org) instead.
-**Para una sesión interactiva con qiime.**
+We think that is more easy to use qiime2 than qiime1:
-Os abrís una sesión con qlogin y en primer lugar hacéis:
+### Interactive session with qiime2
+Open a session with qlogin and the first thing you would do is:
 ```
 xavier.roijals@node101:~$ export LANG=es_ES.UTF-8
 ```
+(This is to solve an error with the system locale). Next step is:
-(Ésto es para solucionar un error que nos da con el locale del sistema). Acto seguido:
 ```
 xavier.roijals@node101:~$ source /home/soft/miniconda2/bin/activate /home/soft/miniconda2/envs/qiime2-2018.2
 ```
+With this command, you have already activated a python virtualenv with qiime2.
-Y ya se os activa un virtualenv de python con qiime.
+If you want to see that qiime2 is already running:
-Para ver si funciona:
 ```
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 (...)
 ```
-**Para enviar un trabajo con qsub**
-Podeu fer servir aquest guió com a exemple, canviant la línia qiime --help per la línia que voleu executar.
+### Sending a job with qsub
+You can use this script as a example, changing the line qiime --help for the command you want to use.
 ```
 #!/bin/bash
-# export necessari
+# mandatory export
-# podeu posar el locale que més us agradi (ca_ES, es_ES, etc)
+# you can use the locale you want
 export LANG=ca_ES.UTF-8
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 source /home/soft/miniconda2/bin/activate /home/soft/miniconda2/envs/qiime2-2018.2
-qiime --help > ajuda_del_qiime.txt
+qiime --help > ajuda_del_qiime.txt # this is the line you must change.
 deactivate
 ```