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Tal y como informan en su página web, qiime 1 es una vía muerta. Por tanto, hemos instalado Qiime2

Es mucho más sencillo utilizar qiime2 que qiime1. Para usarlo deberéis hacer lo siguiente:

Para una sesión interactiva con qiime.

Os abrís una sesión con qlogin y en primer lugar hacéis:

xavier.roijals@node101:~$ export LANG=es_ES.UTF-8

(Ésto es para solucionar un error que nos da con el locale del sistema). Acto seguido:

xavier.roijals@node101:~$ source /home/soft/miniconda2/bin/activate /home/soft/miniconda2/envs/qiime2-2018.2

Y ya se os activa un virtualenv de python con qiime.

Para ver si funciona:

(/home/soft/miniconda2/envs/qiime2-2018.2) xavier.roijals@node101:~$ qiime --help
Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

  QIIME 2 command-line interface (q2cli)
  --------------------------------------

  To get help with QIIME 2, visit https://qiime2.org.

  To enable tab completion in Bash, run the following command or add it to
  your .bashrc/.bash_profile:

      source tab-qiime

  To enable tab completion in ZSH, run the following commands or add them to
  your .zshrc:

      autoload bashcompinit && bashcompinit && source tab-qiime

Options:
  --version  Show the version and exit.
  --help     Show this message and exit.
(...)

Para enviar un trabajo con qsub

Podeu fer servir aquest guió com a exemple, canviant la línia qiime –help per la línia que voleu executar.

#!/bin/bash

# export necessari
# podeu posar el locale que més us agradi (ca_ES, es_ES, etc)
export LANG=ca_ES.UTF-8

# activate virtualenv
source /home/soft/miniconda2/bin/activate /home/soft/miniconda2/envs/qiime2-2018.2

qiime --help > ajuda_del_qiime.txt

deactivate