# Trimmomatic

*"A flexible read trimming tool for Illumina NGS data"*

[Pàgina web](http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic)

[Manual en pdf (v0.32)](http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/TrimmomaticManual_V0.32.pdf)

[github](https://github.com/usadellab/Trimmomatic)

Programa amb  mil opcions, dependències (jellyfish?) etc. Per començar a operar amb ell per enviar un treball:

```
#!/bin/bash

java -Xmx25G -jar /home/soft/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar  etc etc
```

(A l'exemple com podeu veure, li he ficat 25G de RAM de prova, paràmetre a gust del consumidor)