# Qiime2 + picrust2

Per tal de fer servir al nostre cluster qiime2 amb [picrust](https://github.com/picrust/picrust2/wiki/q2-picrust2-Tutorial), heu de seguir aquests pasos:

1.- Heu de fer servir el qlogin/qsub amb **al menys 16G de RAM**. (A l'exemple ho faig via qlogin):

```bash
xavier.roijals@cluster-ceab:~$ qlogin -l h_vmem=16G
```

2.- Heu d'exportar aquestes variables prèviament:

```bash
xavier.roijals@node109:~$ export LC_ALL=C.UTF-8
xavier.roijals@node109:~$ export PATH=/home/soft/miniconda3/bin/:$PATH
```

3.- Heu d'activar l'entorn virtual on és el qiime2 nou sobre python3:

```bash
xavier.roijals@node109:~$ source activate /home/soft/miniconda3/envs/qiime2-2019.4/
```
4.- Llavors ja el podeu executar amb les opcions que vulgueu (recordeu, sempre PATHs absolut), exemple:

```bash
(qiime2-2019.4) xavier.roijals@node109:~$ qiime picrust2 full-pipeline --help
Usage: qiime picrust2 full-pipeline [OPTIONS]
(...)
```

5.- Recordeu a l'script de qsub afegir sempre al final l'opció deactivate, que farà que sortiu del virtualenv de python:

```bash
(...contingut de l'script...)
deactivate
```