## Catàleg de programes

### Introducció

Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament. 

Usualment els programes poden estar instal·lats:

. **directament al sistema operatiu Ubuntu dels nodes de computació** (no cal posar cap export PATH ni res a l'script per enviar al job).

. a **/home/soft** (llavors sí que cal especificar el PATH complet via **export PATH** en l'script o simplement especificant la ruta completa a l'script bash). 

. a un **virtualenv de python3** (podeu veure els diferents virtualenvs que tenim instal·lats fent un ls a /home/soft/virtenvs/python3). Per activar un virtualenv del cluster heu de fer: 

```
#!/bin/bash

source /home/soft/virtenvs/python3/nom_virtualenv/bin/activate
```


. a un **env del miniconda3 propi del cluster** (podeu veure els diferents environments de conda instal·lats fent un ls a /home/soft/miniconda3/envs). Per activar un env de miniconda3 del cluster heu de fer:

```
#!/bin/bash

source /home/soft/miniconda3/bin/activate /home/soft/miniconda3/envs/nom_env
```

. com a **binari instal·lat dintre de conda**. Llavors el que heu de fer és simplement executar el binari amb tot el PATH:

```
#!/bin/bash

export PATH=/home/soft/miniconda3/bin:$PATH

nom_programa etc
```

Dintre del procés de convergència del cluster del CEAB a fer servir les mateixes eines que el [cluster Drago](https://docaic.rstools.csic.es/es/computacion/drago) del CSIC, en un futur espero harmonitzar tot això amb eines de maneig de software tipus [EasyBuild](https://easybuild.io/) (*"module load nom\_programa", etc*). Però de moment, fins que no estigui instal·lat i configurat aquest nou sistema, haurem de conviure i treballar entre export PATHs, virtenvs, condas, etc. 

Recordeu que si teniu cap petició d'instal·lació d'un nou programa, o bé d'actualització d'un programa ja instal·lat, l'heu de fer al correu cblab @ ceab.csic.es.

Heu de tenir en compte que, a més, alguns d'aquests programes instal·lats i compilats en versions antigues d'Ubuntu instal·lades antigament al cluster, poden no funcionar ara. Siusplau, informeu de qualsevol anomalia o problema amb el programari instal·lat escrivint al citat correu.
### Llistat de programes (en construcció i revisió)

. **A**

[[users:catalogue:programs:ABySS]] v 2.2.4

[[users:catalogue:programs:acacia]]

[[users:catalogue:programs:arb]]

[[users:catalogue:programs:ASTRAL]]

[[users:catalogue:programs:Atria]]

[[users:catalogue:programs:Anvio]] v.3

. **B**

[[users:catalogue:programs:BIMr]]

. **G**

[[users:catalogue:programs:Gblocks]]

. **J**

[[users:catalogue:programs:jmodeltest]]

. **M**


[[users:catalogue:programs:mathematica | Mathematica ]]

[[users:catalogue:programs:matlab | Matlab (v 7.11 -R2010b-)]]

[[users:catalogue:programs:Mr Bayes ]] v.3.2.6 with mpi 2.0

. **P**

[[users:catalogue:programs:pdb-tools]]

[[users:catalogue:programs:phylobayes3.3f]]

[[users:catalogue:programs:phyml | phyml]]

[[users:catalogue:programs:pyenv | Pyenv]]

. **Q**

[[users:catalogue:programs:qiime2]]

[[users:catalogue:programs:qiime2___picrust2 | qiime2 + picrust]]

. **S**

[[users:catalogue:programs:SEQenv | SEQenv]]

[[users:catalogue:programs:SINA  | SINA]]

[[users:catalogue:programs:Structure]] 

. **T**

[[users:catalogue:programs:Trimmomatic]]