Computational Biology Lab Wiki

This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong.
# Mathematica

De manera semblant al que fem amb [Matlab](http://tic.ceab.csic.es/cblabdoc/doku.php?id=users:catalogue:programs:matlab) el primer pas seria revisar si podem [connectar-nos gràficament al cluster](http://tic.ceab.csic.es/cblabdoc/doku.php?id=users:guides:graphical_access).

Un cop comprovat que sí, han de seguir els pasos següents (des d'un sistema GNU/Linux):

1.- Obrir una sessió gràfica al cluster:

```
fbartu@levy:~$ xhost +
access control disabled, clients can connect from any host
fbartu@levy:~$ ssh -X fbartu@cluster-ceab.ceab.csic.es
Welcome to Ubuntu 16.04.3 LTS (GNU/Linux 4.4.0-96-generic x86_64)

 * Documentation:  https://help.ubuntu.com
 * Management:     https://landscape.canonical.com
 * Support:        https://ubuntu.com/advantage

153 packages can be updated.
2 updates are security updates.

New release '18.04.2 LTS' available.
Run 'do-release-upgrade' to upgrade to it.


Last login: Mon Apr 15 16:23:35 2019 from 161.111.254.6
```

2.- Crear una sessió de qlogin a un node. 

```
fbartu@cluster-ceab:~$ qlogin -l h_vmem=10G -pe make 5
local configuration cluster-ceab not defined - using global configuration
Your job 65193 ("QLOGIN") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...
Your interactive job 65193 has been successfully scheduled.
Establishing builtin session to host node108 ...
groups: cannot find name for group ID 20005
```
3.- Exportar la sessió gràfica del cluster cap a la nostra ip. Anem fent proves amb xeyes fins que se'ns obri.

```
fbartu@node108:~$ export DISPLAY=161.111.254.6:1
fbartu@node108:~$ export DISPLAY=161.111.254.6:0
fbartu@node108:~$ xeyes
```

4.- Executar Matemathica. Atenció: el CSIC té un número limitat de llicències de Matlab. És possible que feu tots els pasos fins aquí i a l'hora de connectar-vos no funcioni perquè ja hi hagi massa gent connectada del CSIC. 

```
fbartu@node108:~$ /home/soft/Wolfram/Mathematica/11.3/scripts/mathematica 
```

{{:users:catalogue:programs:screenshot_from_2019-05-02_10-37-38.png?600|}}

(**Atenció**: és possible que la primera vegada que ens connectem ens demani on és la llicència. En aquest cas cal simplement dir-li que el servidor de llicències es troba a granado.csic.es. En tot cas, si teniu dubtes, podeu consultar aquest document del CSIC sobre la configuració de la llicència de Mathematica). {{ :users:catalogue:programs:configuracion_licencia_mathematica.pdf |}}