Computational Biology Lab Wiki

User Tools

Site Tools

Trace:
users:catalogue:programs

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
users:catalogue:programs [2024/06/12 08:00] – admins_ceabusers:catalogue:programs [2024/06/17 14:25] (current) – admins_ceab
Line 1: Line 1:
 ## Catàleg de programes ## Catàleg de programes
  
-Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament.+### Introducció 
 + 
 +Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament. 
  
 Usualment els programes poden estar instal·lats: Usualment els programes poden estar instal·lats:
Line 35: Line 37:
 nom_programa etc nom_programa etc
 ``` ```
 +
 +Dintre del procés de convergència del cluster del CEAB a fer servir les mateixes eines que el [cluster Drago](https://docaic.rstools.csic.es/es/computacion/drago) del CSIC, en un futur espero harmonitzar tot això amb eines de maneig de software tipus [EasyBuild](https://easybuild.io/) (*"module load nom\_programa", etc*). Però de moment, fins que no estigui instal·lat i configurat aquest nou sistema, haurem de conviure i treballar entre export PATHs, virtenvs, condas, etc. 
  
 Recordeu que si teniu cap petició d'instal·lació d'un nou programa, o bé d'actualització d'un programa ja instal·lat, l'heu de fer al correu cblab @ ceab.csic.es. Recordeu que si teniu cap petició d'instal·lació d'un nou programa, o bé d'actualització d'un programa ja instal·lat, l'heu de fer al correu cblab @ ceab.csic.es.
  
 +Heu de tenir en compte que, a més, alguns d'aquests programes instal·lats i compilats en versions antigues d'Ubuntu instal·lades antigament al cluster, poden no funcionar ara. Siusplau, informeu de qualsevol anomalia o problema amb el programari instal·lat escrivint al citat correu.
 +### Llistat de programes (en construcció i revisió)
  
 +. **A**
  
 +[[users:catalogue:programs:ABySS]] v 2.2.4
  
 +[[users:catalogue:programs:acacia]]
  
 +[[users:catalogue:programs:arb]]
 +
 +[[users:catalogue:programs:ASTRAL]]
 +
 +[[users:catalogue:programs:Atria]]
 +
 +[[users:catalogue:programs:Anvio]] v.3
 +
 +. **B**
 +
 +[[users:catalogue:programs:BIMr]]
 +
 +. **G**
 +
 +[[users:catalogue:programs:Gblocks]]
 +
 +. **J**
 +
 +[[users:catalogue:programs:jmodeltest]]
 +
 +. **M**
  
  
Line 47: Line 77:
  
 [[users:catalogue:programs:matlab | Matlab (v 7.11 -R2010b-)]] [[users:catalogue:programs:matlab | Matlab (v 7.11 -R2010b-)]]
- 
-[[users:catalogue:programs:SEQenv | SEQenv]] 
  
 [[users:catalogue:programs:Mr Bayes ]] v.3.2.6 with mpi 2.0 [[users:catalogue:programs:Mr Bayes ]] v.3.2.6 with mpi 2.0
- 
-[[users:catalogue:programs:Anvio]] v.3 
  
 . **P** . **P**
  
 [[users:catalogue:programs:pdb-tools]] [[users:catalogue:programs:pdb-tools]]
 +
 +[[users:catalogue:programs:phylobayes3.3f]]
  
 [[users:catalogue:programs:phyml | phyml]] [[users:catalogue:programs:phyml | phyml]]
Line 69: Line 97:
  
 . **S** . **S**
 +
 +[[users:catalogue:programs:SEQenv | SEQenv]]
 +
 +[[users:catalogue:programs:SINA  | SINA]]
  
 [[users:catalogue:programs:Structure]]  [[users:catalogue:programs:Structure]] 
 +
 +. **T**
 +
 +[[users:catalogue:programs:Trimmomatic]]
 +
users/catalogue/programs.1718179213.txt.gz · Last modified: by admins_ceab