Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- users:catalogue:programs [2024/06/12 07:57] – admins_ceab
+++ users:catalogue:programs [2024/06/17 14:25] (current) – admins_ceab
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ## Catàleg de programes
-Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament.
+### Introducció
+Aquí podreu anar trobant quins programes estan instal·lats al cluster del CBLab. Ara mateix estic mirant d'actualitzar el llistat de programes, per tant falten la gran majoria: l'aniré actualitzant progressivament.
 Usualment els programes poden estar instal·lats:
@@ Line 7: / Line 9: @@
 . **directament al sistema operatiu Ubuntu dels nodes de computació** (no cal posar cap export PATH ni res a l'script per enviar al job).
-. a **/home/soft** (llavors sí que cal especificar el PATH complet via export PATH en l'script o simplement especificant la ruta completa a l'script bash).
+. a **/home/soft** (llavors sí que cal especificar el PATH complet via **export PATH** en l'script o simplement especificant la ruta completa a l'script bash).
 . a un **virtualenv de python3** (podeu veure els diferents virtualenvs que tenim instal·lats fent un ls a /home/soft/virtenvs/python3). Per activar un virtualenv del cluster heu de fer:
@@ Line 26: / Line 28: @@
 ```
-. com a binari instal·lat dintre de conda.
+. com a **binari instal·lat dintre de conda**. Llavors el que heu de fer és simplement executar el binari amb tot el PATH:
+```
+#!/bin/bash
-Here you can find which programs are currently installed, usually in `/home/soft`. If you have a request write us in `cblab@ceab.csic.es` with a link to the program webpage.
+export PATH=/home/soft/miniconda3/bin:$PATH
+nom_programa etc
+```
+Dintre del procés de convergència del cluster del CEAB a fer servir les mateixes eines que el [cluster Drago](https://docaic.rstools.csic.es/es/computacion/drago) del CSIC, en un futur espero harmonitzar tot això amb eines de maneig de software tipus [EasyBuild](https://easybuild.io/) (*"module load nom\_programa", etc*). Però de moment, fins que no estigui instal·lat i configurat aquest nou sistema, haurem de conviure i treballar entre export PATHs, virtenvs, condas, etc.
+Recordeu que si teniu cap petició d'instal·lació d'un nou programa, o bé d'actualització d'un programa ja instal·lat, l'heu de fer al correu cblab @ ceab.csic.es.
-[[users:catalogue:programs:mathematica | Mathematica ]]
+Heu de tenir en compte que, a més, alguns d'aquests programes instal·lats i compilats en versions antigues d'Ubuntu instal·lades antigament al cluster, poden no funcionar ara. Siusplau, informeu de qualsevol anomalia o problema amb el programari instal·lat escrivint al citat correu.
+### Llistat de programes (en construcció i revisió)
-[[users:catalogue:programs:matlab | Matlab (v 7.11 -R2010b-)]]
+. **A**
-[[users:catalogue:programs:SEQenv | SEQenv]]
+[[users:catalogue:programs:ABySS]] v 2.2.4
-[[users:catalogue:programs:Mr Bayes ]] v.3.2.6 with mpi 2.0
+[[users:catalogue:programs:acacia]]
+[[users:catalogue:programs:arb]]
+[[users:catalogue:programs:ASTRAL]]
+[[users:catalogue:programs:Atria]]
 [[users:catalogue:programs:Anvio]] v.3
+. **B**
+[[users:catalogue:programs:BIMr]]
+. **G**
+[[users:catalogue:programs:Gblocks]]
+. **J**
+[[users:catalogue:programs:jmodeltest]]
+. **M**
+[[users:catalogue:programs:mathematica | Mathematica ]]
+[[users:catalogue:programs:matlab | Matlab (v 7.11 -R2010b-)]]
+[[users:catalogue:programs:Mr Bayes ]] v.3.2.6 with mpi 2.0
 . **P**
 [[users:catalogue:programs:pdb-tools]]
+[[users:catalogue:programs:phylobayes3.3f]]
 [[users:catalogue:programs:phyml | phyml]]
@@ Line 59: / Line 97: @@
 . **S**
+[[users:catalogue:programs:SEQenv | SEQenv]]
+[[users:catalogue:programs:SINA  | SINA]]
 [[users:catalogue:programs:Structure]]
+. **T**
+[[users:catalogue:programs:Trimmomatic]]